แบ่งออกเป็น 2 กลุ่ม
1. กลุ่มอำนวยการบริหารจัดการทดสอบความชานาญห้องปฏิบัติการ (อก.บท.) มีหน้าที่ความรับผิดชอบ ดังนี้
- ศึกษาวิเคราะห์และจัดการระบบคุณภาพภายในกองให้ได้มาตรฐาน
- ประสานงานและบริหารจัดการตัวอย่างเพื่อการทดสอบ สอบเทียบ ในห้องปฏิบัติการ ตามความต้องการของผู้รับบริการ\
- ศึกษา วิเคราะห์ และจัดทำแผนการพัฒนาและยกระดับความสามารถของห้องปฏิบัติการภายในกอง
- ประสาน ส่งเสริม สนับสนุน การเชื่อมโยงเครือข่ายความร่วมมือทางวิชาการ ด้านโครงสร้างพื้นฐานทางคุณภาพของประเทศ
- งานธุรการ งานด้านสารบรรณ บุคลากร พัสดุ การเงินงบประมาณ ภายในกอง และประสานงานต่างๆ ทั้งภายในและภายนอกกอง
- ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง หรือที่ได้รับมอบหมาย
2. กลุ่มทดสอบความชำนาญห้องปฏิบัติการ (ชน.) มีหน้าที่ความรับผิดชอบ ดังนี้
- บริการทดสอบความชำนาญห้องปฏิบัติการทดสอบ ให้แก่ห้องปฏิบัติการในประเทศและต่างประเทศ สาขาทดสอบและสอบเทียบ
- ให้คำปรึกษา แนะนำ และถ่ายทอดองค์ความรู้ทางวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีแก่ห้องปฏิบัติการ
- พัฒนา ผลิตและจำหน่ายวัสดุอ้างอิงและวัสดุควบคุมเพื่อใช้ในระบบการควบคุมคุณภาพภายในห้องปฏิบัติการและการสนับสนุนความสอบกลับได้ของการวัด
- จัดทำฐานข้อมูลความสามารถห้องปฏิบัติการ เพื่อใช้เป็นข้อมูลพื้นฐานในการพัฒนาห้องปฏิบัติการของประเทศ
- พัฒนาและรักษาระบบคุณภาพการดำเนินงานให้เป็นไปตามมาตรฐานสากล
- ประสานความร่วมมือทางวิชาการกับหน่วยงานทั้งในประเทศและต่างประเทศ
- ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการดำเนินงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง