กลุ่มอำนวยการและพัฒนาระบบการรับรอง (อก.บร.) มีหน้าที่ความรับผิดชอบดังนี้

1) จัดทำทะเบียนห้องปฏิบัติการ เพื่อใช้เป็นข้อมูลพื้นฐานในการพัฒนาห้องปฏิบัติการของประเทศ
2) ส่งเสริม สนับสนุน และพัฒนาห้องปฏิบัติการทดสอบและสอบเทียบ โดยให้คำแนะนำทางวิชาการ และเผยแพร่ความรู้ด้านเทคนิคเกี่ยวกับห้องปฏิบัติการรวมทั้งประชาสัมพันธ์และเผยแพร่กิจกรรมงานด้านห้องปฏิบัติการ
3) ประสาน ส่งเสริม สนับสนุน การเชื่อมโยงเครือข่ายความรู้ด้านวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยีกับหน่วยงานทั้งในประเทศและต่างประเทศ
4) อบรมและพัฒนาศักยภาพ ผู้ประเมิน อนุกรรมการวิชาการ กรรมการรับรองระบบงานห้องปฏิบัติการ
5) งานธุรการ งานด้านสารบรรณ บุคลากร พัสดุ การเงินงบประมาณ ภายในกองและประสานงานต่างๆ ทั้งภายในและภายนอกกอง
6) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง

กลุ่มรับรองระบบงานห้องปฏิบัติการ 1 (รป.1) มีหน้าที่ความรับผิดชอบดังนี้

1) ดำเนินการเกี่ยวกับการรับรองระบบงานห้องปฏิบัติการทดสอบและสอบเทียบทั้งในและต่างประเทศ รวมทั้งดำเนินการประสานงานกับต่างประเทศและองค์การระหว่างประเทศ สาขาสิ่งแวดล้อม และผลิตภัณฑ์อุตสาหกรรม
2) พัฒนาและรักษาระบบคุณภาพการดำเนินงานให้เป็นไปตามมาตรฐานสากล
3) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง

กลุ่มรับรองระบบงานห้องปฏิบัติการ 2 (รป.2) มีหน้าที่ความรับผิดชอบดังนี้

1) ดำเนินการเกี่ยวกับการรับรองระบบงานห้องปฏิบัติการทดสอบและสอบเทียบทั้งในและต่างประเทศ รวมทั้งดำเนินการประสานงานกับต่างประเทศและองค์การระหว่างประเทศ สาขาอาหาร ภาชนะบรรจุอาหาร อาหารสัตว์ และผลิตภัณฑ์อื่นๆ ทางการเกษตร
2) พัฒนาและรักษาระบบคุณภาพการดำเนินงานให้เป็นไปตามมาตรฐานสากล
3) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง

กลุ่มรับรองระบบงานห้องปฏิบัติการ 3 (รป.3) มีหน้าที่ความรับผิดชอบดังนี้

1) ดำเนินการเกี่ยวกับการรับรองระบบงานห้องปฏิบัติการทดสอบและสอบเทียบทั้งในและต่างประเทศ รวมทั้งดำเนินการประสานงานกับต่างประเทศและองค์การระหว่างประเทศ สาขาผลิตภัณฑ์วัสดุ เคมีภัณฑ์ และผลิตภัณฑ์อื่นๆ ที่เกี่ยวข้อง
2) ดำเนินการเกี่ยวกับการรับรองระบบงานผู้จัดโปรแกรมทดสอบความชำนาญและผู้ผลิตวัสดุอ้างอิงทั้งในและต่างประเทศ รวมทั้งดำเนินการประสานงานกับต่างประเทศและองค์การระหว่างประเทศ
3) พัฒนาและรักษาระบบคุณภาพการดำเนินงานให้เป็นไปตามมาตรฐานสากล
4) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้อง